国旗护卫队的日常训练分为在校训练和假期训练。
在校训练包括早训和晚训。早训的主要内容是体能训练，能够提升队员们的身体机能，为更好的完成各项任务打下坚实的体能基础。同时队员们早早起床训练也有助于养成早睡早起的的良好作息习惯。晚训的主要内容是练习升旗、降旗的各种动作及流程，以便更好的完成每一次的升降旗任务。在保证训练任务完成之余，平日里严肃的队委们也会变成哥哥姐姐和队员们一起做游戏，为队员们准备小惊喜来缓解日常训练的压力，在每天的训练中增加趣味性。除练习日常的升降旗动作和流程外，队员们也会在新生军训及校运会等大型活动来临前努力练习方阵动作，以在师生们面前大放光芒。
假期训练的主要内容也是体能训练，班长会将每天的训练内容提前告诉队员们，让队员们自行在家训练。其主要目的是督促队员们在假期里强健体魄，避免成为懒虫导致体能下滑过大，同时也能让队员们在开学时快速调整身体状态完成任务。
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